Panowanie Turków w Rethymno (1669-1898) podobnie jak na całej Krecie, przyniosło poważne zmiany administracyjne i ekonomiczne, zmiany w sektorze zaludnienia a głównie w intelektualnym i codziennym trybie życia. Kreta, która już była jednym wielkim okręgiem podzielona została początkowo na trzy sektory: Handaka, Rethymno i Chania i na Lasithi. Każdym z nich oddzielnie zarządzał Pasza. Obraz miasta zmienił się diametralnie. Okupanci zamieszkali w weneckich dworach, wzbogacając je własnymi architektonicznymi elementami. Chcąc zaznaczyć swoją obecność zbudowali meczety i minarety. Na wąskich uliczkach miasta Rethymno, przy frontach domów pojawiły się „sachnisia”, kioski które nadały miastu nowy architektoniczny wygląd odpowiedni dla miasta muzułmańskiego. Dużo kościołów zostało zniszczonych a wiele innych przekształcono na meczety. Nastąpił okres intelektualnej i kulturalnej stagnacji. Rozkwit nauki i sztuki „Renesansu Kreteńskiego” był już historią. Rzezie i rabunki Chrześcijan i ich majątków doprowadzało Kreteńczyków do szeregu powstań i rewolucji a wśród nich do tej z 1821 roku w której cała Grecja powstała przeciw Turkom. Jednak i po tej rewolucji Krecie nie udało się odzyskać wolności, przekazanie jednak Krety Egipskiemu wicekrólowi Mechmet Ali(1830-1841) pozwoliło Kreteńczykom na chwilową ulgę i kontynuowanie walki o niepodległość wyspy. Z czasem nieustanna walka przyniosła pewne rezultaty: chrześcijanie zyskali kilka przywilejów związanych z religią i odzyskaniem majątków. Jednak nic nie satysfakcjonowało Kreteńczyków. To, czego pragnęli, to pełne uwolnienie i połączenie z Grecją lądową. Kolejna Wielka Rewolta Kreteńska która rozpoczęła się w 1866 a zakończyła w 1869 roku, przyciągnęła uwagę świata zbiorowym samobójstwem w klasztorze Arkadi. Nawet po tym tragicznym fakcie i poniesieniu najwyższej ceny walki o wolność, Kreta kontynuowała wystąpienia przeciwko okupacji tureckiej co doprowadziło do nowej rewolucji w 1878 roku. Jej rezultatem były pewne religijne i polityczne przywileje z najważniejszym: Generalnym Administratorem Krety mógł być Kreteńczyk. Zamiast jednak oczekiwanej poprawy sytuacji w latach 1890 do 1895 Turcy twardą ręką wykorzystywali swoją pozycję wobec tubylców co doprowadziło do kolejnej rewolucji w 1897 roku po której zatwierdzono Autonomię Krety.