Rok 1897 to ostatni rok okupacji tureckiej na Krecie. W 1898 roku uwalnia się Kreta od swojego ostatniego okupanta. 9 grudnia Książę Georgios zostaje najwyższym Komisarzem Krety. W tym samym roku rozpoczyna się administracyjna organizacja Krety jako autonomicznego państwa z własną Konstytucją i własnym rządem. Okres Autonomii był twórczy w sektorach ekonomicznych oraz intelektualnym Rethymno. Wykonano nową infrastrukturę, powstały luksusowe prywatne i publiczne budynki, zanotowano znaczące intelektualne działania czego dowodzą istniejące kina i teatry. Ta działalność kontynuowała się twórczo do 1 grudnia w 1913 roku kiedy to Kreta została ostatecznie przyłączona do Grecji. Problemy jednak która miała Unia i pozostała Grecja, przewróciło rozwój Rethymnu i całej Krety do góry nogami. Sytuacja poprawi się dopiero po 1924 roku kiedy po Wojnie z Turkami Grecy musieli wynieść się z Azji Mniejszej. Dochodzi do wymiany ludności. Kretę opuszczają ostatni Turkokreteńczycy a na ich miejsce przyjeżdżają uchodźcy greccy przynosząc ze sobą kulturę i twórczy intelektualizm co spowodowało nowy ekonomiczny i intelektualny rozkwit Rethymno. Druga Wojna Światowa stanowi może i najważniejszy powód zastoju na wszystkich poziomach. Inwazja niemieckich spadochroniarzy i bombardowanie Rethymno w Maju 1941 roku dało początek wielu wystąpieniom ludności przeciwko okupantowi, świadczących o wielkim bohaterstwie i patriotyzmie. Mimo oporu stawianego przez miejscową ludność, Niemcy opanowali Kretę i zamieszkali w Rethymno kontrolując życie, administrację i ekonomię.