W1645 roku pierwsze tureckie wojska wysiadły w Chania i od razu rozpoczęło się oblężenie miasta, które poddało się po dwóch miesiącach. Rozpoczęła się Wielka Turecko-Wenecka wojna 17-ego wieku .Wojska Husein Paszy pojawiły się 29 września 1646 roku pod murami fortyfikacyjnymi miasta Rethymno. Mieszkańcy miasta byli już wyczerpani ciągłymi najazdami Turków którzy mieli swoją siedzibę w Chania. Cywile i bezbronni zbierali się wewnątrz zamku w którym sytuacja była dramatyczna: epidemie, ranni, brak jedzenia a głównie brak amunicji. Kiedy Administrator uświadomił sobie niemożność dalszej obrony podniósł białą flagę i negocjował korzystne warunki poddania miasta Rethymno: Ci mieszkańcy którzy chcieli mogli pojechać do Handaka za to ci którzy pozostali byli opodatkowani, zależni od Sułtana. Forteca poddała się Turkom 13 listopada 1646.