W okresie wczesnochrześcijańskim i bizantyjskim wybudowano wiele Kościołów w powiecie Rethymno. Szacuje się, że bizantyjskich kościołów jest około 300 i około 30 klasztorów. W czasie epoki chrześcijańskiej, styl architektoniczny, nazywany „bazylijskim”, tych kościołów charakteryzował się drewnianym dachem oraz trzema nawami z podwyższoną nawą środkową. W regionie Rethymno odnaleziono pozostałości 18-u takich kościołów. Architektoniczny styl, który panował w całym okresie panowania bizantyjskiego był nazywany krzyżakowym z kopułą, który pojawia się w 9-tym wieku i trwa aż do czasów panowania weneckiego.
Kościoły krzyżakowe z kopułą i jednoizbowe z kopułą występują na całym obszarze i stanowią jeden z klejnotów województwa. Oprócz stylu architektonicznego tych kościołów duże zainteresowanie budzą wewnętrzne ozdoby: mozaiki w starochrześcijańskich kościołach i freski na ścianach w kościołach bizantyjskich. Tematyką tych zdobień są geometryczne formy i motywy wzięte z królestwa zwierząt lub roślin. Freski w kościołach wybudowanych po 11-ym wieku, przedstawiają motywy o charakterze opowieści. Użyte techniki i materiały, zmieniają się według epoki.
Jako już wspominaliśmy, liczba kościołów jest duża a poniżej przedstawimy tylko kilka najbardziej charakterystycznych.

Wczesnochrześcijańska Bazylika w miejscowości Panormo:
W 1948 roku, na południowy zachód od miejscowości Panormo i 30 km na wschód od Rethymno, został odkopany największy wczesnochrześcijański kościół Krety. Chodzi tu o Bazylikę z drewnianym dachem pw. Mądrości Bożej ( Agia Sofia), której powstanie datuje się na 5-y wiek.

Wczesnochrześcijańska Bazylika w miejscowości Goulediana:
Ta trzynawowa wczesnochrześcijańska bazylika ozdobiona bogatymi mozaikami, została odkryta w miejscu Onythe, na południowym wschodzie od miejscowości Goulediana i 18 km od miasta Rethymno. Jej powstanie datuje się na 6-y lub 7-y wiek.

Wczesnochrześcijańska Bazylika Starożytnego miasta Eleftherna:
Bazylika ta znajduje się w archeologicznym obszarze Starożytnej Eleftherny, w miejscu Katsivelos. Obejmuje trzynawową bazylikę z bogatą mozaiką pochodzącą prawdopodobnie z 6-ego lub 7-ego wieku.

Agios Ioannis w miejscowości Gerakari w gminie Amari:
Niedaleko wioski Gerakari i 41 km od miasta Rethymno, znajduje się kościół pw. Św. Jana Ewangelisty (Agios Ioannis Theologos), który datuje się na 13-y wiek. Ten jednonawowy kościół jest ozdobiony szczególnie interesującymi freskami.

Agios Dimitrios w miejscowości o tej samej nazwie:
W odległości 10 km na wschód od Rethhymno przy drodze do Arkadi znajduje się kościół krzyżakowy z kopułą, pochodzącą z 11-ego wieku.

Kościół Panagia we wsi Roustica:
Niedaleko wioski Roustika w miejscowości Livadi w odległości 21 km od miasta Rethymno, znajduje się dwunawowy kościół pw. NMP i Chrystusa Zbawiciela. Ściany we wnętrzu kościoła są pokryte freskami pochodzącymi z 1381 roku. Na dzwonnicy widnieje data 1627.

Kiria Panagia w wiosce Nefs Amari:
W regionie wioski Nefs Amari znajduje się trzynawowa Bazylika Kiria Panagia, poświęcona NMP, wybudowana na miejscu starszej krzyżakowej bazyliki z kopułą datującą się na 13-y wiek. Wrażenie robi południowa nawa boczna z ozdobnym portalem, wspaniałe malowidła i rodzinne herby rodu Kalergis datowane na 15-y wiek.

Kościół Panagia w miejscowości Lampini:
We wsi Lampini, 27 km od miasta Rethymno w kierunku miejscowości Spili, znajduje się krzyżakowy kościół Panagia z kopułą i freskami z 12-ego i 14-ego wieku. W kościele tym była siedziba sławnego Episkopatu Lampis, który istniał od 431 roku.