Góry powiatu Rethymno są wyjątkowo bogate w jaskinie, których jest w sumie około 850. Wiele z nich jest szczególnie interesujących z punktu widzenia archeologicznego, historycznego, folklorystycznego lub ich naturalnego piękna. Do najbardziej znanych jaskiń powiatu należą: Gerani, Simonelli na zachód od miasta Rethymno, Aghios Antonios niedaleko wsi Patsos w gminie Amari, Melidoni, oraz jaskinie Ideon Andron, Moungri Sison, Sfendoni niedaleko wsi Zoniana. Jaskinia Ideon Andron leży na płaskowyżu Nida, na Górze Psiloritis, 24 km od wsi Anoghia i 78 km od miasta Rethymno, na wysokości 1538 m. npm. Jej nadzwyczajne, duże wejście robi ogromne wrażenie na zwiedzających. Jaskinia jest imponujących wymiarów, z ogromną centralną salą i galerią o długości 22 m. Według mitologii jaskinia była miejscem w którym został wychowany Zeus, ponadto była ważnym miejscem kultowym od okresu minojskiego. Prace wykopaliskowe przeprowadzane wewnątrz jaskini, ujawniły wiele przedmiotów kultu, takich jak: ceramikę, złotą biżuterię, metalowe przedmioty a przede wszystkim sławne tarcze z brązu. W związku z przeprowadzanymi pracami archeologicznymi, jaskinia nie jest udostępniana do zwiedzania.

Wykopaliskowe prace wykonane w jaskini Melidoni, udowodniły, że jaskinia była miejscem kultu z wczesnej epoki Neolitycznej aż do lat rzymskich Zgodnie z odkrytą Inskrypcją, jaskinia jest powiązana z uwielbieniem starożytnego boga Hermes. W nowożytnych czasach jaskinia również odegrała ważną rolę. W styczniu 1834r, Turcy otoczyli jaskinię i podpalając ogień udusili dymem 370 mieszkańców wioski Melidoni, którzy znaleźli w niej schronienie. Ich kości przechowywane w sarkofagu, umieszczono w pierwszej sali. Jaskini jest udostępniona do zwiedzania.

Jaskinia w miejscowości Gerani zachwyca wspaniałymi stalagmitami w 6 salach. W czasie prac archeologicznych, oprócz trzech ludzkich szkieletów odkopano mnóstwo narzędzi z kości i kamienia z epoki Neolitycznej. Znaleziono również bardzo ważny materiał paleontologiczny, który należał do ponad 100 endemicznych jeleni, które prawdopodobnie wyginęły na końcu plejstocenu oraz ludzkie szkielety prawdopodobnie należące do ludzi, którzy zostali złapani w jaskini w pułapkę, być może z powodu trzęsienia ziemi

Jaskinia Sfendoni blisko wsi Zoniana w gminie Mylopotamos (47 km od Rethymno w kierunku Perama - Axos) fascynuje 14 salami, bogato ozdobionymi stalaktytami i stalagmitami. Jaskinia ma długość 550 m. i zajmuje powierzchnię 3,330m2. Badania archeologiczne ostatnich lat odkryły wewnątrz jaskini instalacje datowane na okres Neolityczny.

Jaskinia Agios Antonios, znajdująca się niedaleko wsi Patsos, reprezentuje jeszcze jedno miejsce kultu z wczesnej Neolitycznej epoki aż do lat rzymskich Zgodnie z inskrypcjami jaskinia jest związana z uwielbieniem starożytnego boga Hermes Kraneos. Kościół we wnętrzu jaskini jest pw. Agios Antonios, patrona dzieci. Jaskinia jest otwarta dla zwiedzających.