Oprócz drzew i roślin, które spotkać można w innych regionach Grecji i na obszarze śródziemnomorskim, na Krecie występuje wiele gatunków roślin nigdzie indziej nie występujących, tzw. roślin endemicznych. Zjawisko to można wyjaśnić geograficzną izolacją wyspy, która ułatwiła rozwój miejscowych roślin, już od czasów starożytnych. Spośród szacowanych na około 2000 gatunków roślin, 160 to rośliny endemiczne rosnące wyłącznie na wyspie. Niestety, w porównaniu do przeszłości, dzisiejsza roślinność została w dużym stopniu zmniejszona. Góry, które dawniej miały bogatą roślinność, np. Psiloritis lub Idi(zalesiona góra), dzisiaj są niemal nagie. Głównym powodem jest niekontrolowany wypas owiec i kóz oraz często wybuchające pożary. Poza tym nieliczne doliny są wykorzystywane w rolnictwie pod uprawy, a tereny przybrzeżne pod uprawy pod folią, co powoduje, że flora i fauna zostały w bardzo dużym stopniu ograniczone a niektóre rodzaje roślin są zagrożone wyginięciem. W związku z tym, że rozwój flory zależy od temperatury oraz ukształtowania terenu, to jej zróżnicowanie opiera się na tych czynnikach. Na obszarze przybrzeżnym można spotkać rośliny, którym w rozwoju pomaga wilgoć i słone powietrze morskie. Do charakterystycznych roślin tego terenu należą: Lilia morska (Pancratium maritimum), krzewy Tamaryszku (Tamarix cretica) i sławna Kreteńska Palma Theofrastisa (Phoeniks theofrastii). Na obszarze nizin, (do wysokości 300 metrów npm), można spotkać śródziemnomorskie krzaki macchie takie jak: drzewo masztykowca (Pistacia lentiscus), dąb skalny (Quercus coccifera), oleander pospolity (Nerium oleander), niepokalanek (Vitex agnus-castus), rumianek (Chamomilla recutita), mięta (Mentha spicata), mirt zwyczajny (Myrtus communis), wrzos (Eric), Daucus carota, dziki seler naciowy (Smyrnium), malwa (Alcea pallida cretica), mak pospolity (Papaver rhoeas), ladania (Cistus incanus-creticus), oraz heban kreteński (Ebenus cretica). Pół - górzysty obszar, który dochodzi do wysokości około 800m. n.p.m., porośniętymi jest takimi roślinami jak: dąb skalny (Quercus coccifera), drzewo masztykowca (Pistacia lentiscus), tymianek (Thymous capitatus), drzewa poziomkowca (Arbutus unedo), Phlomis cretica, kreteński klon (Acer sempervirens), szczodrzewica sitowata (Spartium junceum), styrak lekarski (Styrax officinalis) i inne. Dzikie kwiaty, np.kreteński cyklamen (Cyklamen creticum), irys kreteński (Iris cretica), drakontia (Dracungulus), mieczyk (Ggladiolis italicus), tulipany (Tulipa orphanidea), hiacynt/ kwiaty bulwanowe (Muscari commosum), różne rodzaje kreteńskiej orchidei oraz drzewa jak Ceratonia siliqua i dąb (Quercus). Obszar między 800 i 1800 m wysokości, nazywany jest obszarem górzystym. Tutaj występuje dąb skalny (Quercus coccifera), klon kreteński (Acer sempervirens) oraz krzewy i dzikie kwiaty takie jak: żółte fiołki (Erysimum creticum), tulipany kreteńskie (Tulipa cretica), dziki kreteński piołun (Achillia cretica), fiołki kreteńskie (Viola cretica), krokusy (Krokus oreocreticus) i wiele innych. Szczególnie ciekawa jest flora w wąwozach, które stanowią prawdziwy raj dla dzikich kwiatów i krzewów. Wiele z tych roślin jest rzadkimi okazami endemicznymi, które są naturalnie chronione od ludzkiej interwencji, ponieważ dostęp do nich jest trudny. Dzięki temu, właśnie tu środowisko utrzymało swoją oryginalną, naturalną dzikość. Można tu spotkać wszystkie gatunki roślin, ponieważ wąwozy zaczynają się w górzystym i pół - górzystym terenie i docierają do morza. Jeżeli dopisze szczęście, można w nich spotkać sławą Kreteńska lebiodkę (Origanum dictamus).